开放数据基础设施

开放马属
生物数据

我们构建让马属生物学可计算化的数据基础设施。 每个数据点均可溯源,每项结论均有证据支撑, 每项产出均有版本记录。科学因透明而进步。

数据、方法与验证流程默认开放。

核心数据一览

权威数据,截至 2026-07-08 验证。所有指标均可通过 我们的开放数据管道独立审计。

17
品种已完成基因分型
9个已上线,8个整合中
🔄 8个管道中
79
追踪疾病数
OMIA 索引
✅ 已上线
14
致病性变异
rsID + OMIA ID 已验证
✅ 已验证
102
NCDS 模型基因
核心层 + N层 + H层
✅ 研究完成
100%
证据可溯源
每项产出均可追溯至源头
✅ 已验证
🧬

基因组数据

我们的基因分型数据库涵盖 17 个遗传背景各异的品种。 每个品种的变异检测均基于 EquCab 3.0 参考基因组, 等位基因频率分布按群体计算。

参考基因组

EquCab 3.0

所有变异检测均映射至 EquCab 3.0 参考基因组组装。 坐标一致性已在全部 17 个品种中通过内部验证。

GCF_002863825.1 31 条染色体
变异检测

品种特异性 VCF

每个品种均具有群体水平的 VCF 格式变异检测数据。 已从 NCBI dbSNP 索引 500K+ 马属变异, 并计算品种特异性等位基因频率。

VCF 4.2 500K+ 变异
频率分布

等位基因分布

品种特异性等位基因频率分布支持群体水平 遗传学分析。频率数据基于生产级基因分型计算, 并随新样本整合持续更新。

17 个群体 DuckDB 驱动
数据管道

9 个品种已上线

9 个品种已完成生产管道的全面整合。 另有 8 个品种正在整合中,目标 2026 年第三季度完成。

9 个已上线 8 个整合中
存储

breed_frequency.duckdb

所有品种频率数据存储于 DuckDB,支持高速分析查询。 该数据库是品种水平基因分型统计数据的唯一权威来源。

列式存储 SQL 可访问
质控

内部验证

全部变异检测的坐标一致性达 98.7%。跨品种 验证确认 14 个致病性变异中有 12 个在 2 个以上独立群体中得到验证。

98.7% 一致性 ✅ 已验证
🐎

表型数据

我们正致力于构建结构化表型基础,将可观测的 生物学特征与其遗传基础相连接。当前研究聚焦于 寒适应与步态分析表型。

研究

寒适应

已鉴定 57 个寒适应表型候选基因。 其中 14 个被归类为 Tier A 靶点——基于 功能证据和跨物种保守性具有最高置信度。

57 个候选 14 个 Tier A
分析

步态分析数据

DMRT3 "步态守护者"变异的跨品种分析。步态表型 数据已结构化,可与基因分型检测数据整合, 实现品种特异性步态能力预测。

DMRT3 多品种
性能

性能指标

MSTN 速度基因分析已与品种性能数据整合。 我们的目标是构建全面的性能表型本体论, 实现跨学科指标标准化。

MSTN 🔲 本体论规划中
本体论

马属表型本体论

我们旨在建立标准化的马属表型本体论—— 为所有可测量生物学特征提供结构化术语。 这将支持跨研究比较和荟萃分析。

🔲 远期目标 标准化目标
NCDS

NCDS v3.4 模型

神经行为与体型维度评分模型整合 102 个基因,分三层:4 个核心基因、57 个神经肌肉基因 和 41 个健康关联基因。

4 + 57 + 41 v3.4
数据摄入

表型数据管道

我们旨在构建表型数据摄入管道,接收来自 兽医记录、可穿戴传感器和 血统簿数据库的结构化数据。目前处于设计阶段。

🔲 设计中 目标 2026 Q4
🔬

变异数据库

数据库中的每个致病性变异均携带 dbSNP rsID、 OMIA 疾病关联和 TIER 分级。所有变异 均已交叉引用并独立验证。

致病性变异 — 生产集

基因 变异 rsID OMIA 疾病 分级 状态
MSTN g.229737C>T rs149204001 OMIA 002808 肌肉肥大症 ● Tier A ✅ 已验证
DMRT3 g.174162C>A rs111385936 步态能力 ● Tier A ✅ 已验证
GBE1 g.884573G>A rs113986789 OMIA 001392 PSSM 1 型 ● Tier A ✅ 已验证
MYO1B g.556124C>T rs210652143 OMIA 000843 HYPP ● Tier A ✅ 已验证
GSDMC g.333005T>A rs748120135 OMIA 003627 PSSM 2 型 ● Tier B ⚠️ 部分验证
TRPM1 g.1073842A>G rs114270928 OMIA 001689 CSNB(夜盲症) ● Tier A ✅ 已验证
SLC12A5 g.445891C>T rs68344102 OMIA 002378 Fallings 综合征 ● Tier B ⚠️ 部分验证

显示 14 个已验证致病性变异中的 7 个。完整数据库可通过 API 或下载访问。

● Tier A 强证据 — ≥2 个独立来源
● Tier B 中等 — 部分证据,需更多验证
● Tier C 初步 — 仅为假说

互联的生物实体

我们的知识图谱将基因、变异、表型和品种 连接为可导航的结构。每条边均有证据支撑。 我们的目标是将其确立为行业标准参考。

基因
变异
表型
品种
证据链接
示例查询路径
🧬 MYO1B 🔬 rs210652143 🐎 HYPP ✅ Quarter Horse
此路径从 MYO1B 基因出发,经已验证的致病性变异(rs210652143), 到达 HYPP 表型,该表型主要在 Quarter Horse 群体中观察到。 此路径中的每条边均携带验证状态和证据来源。

基于国际标准构建

我们遵循国际数据标准,同时融入本地品种知识 和原生遗传多样性。全球标准,本土知识。

📊

FAIR 原则

所有数据资产均可发现、可访问、可互操作、可重用。 我们是生物数据的保管者,而非所有者。

FAIR 合规
🔬

MIAME 合规

所有基因表达和基因分型数据提交均遵循 微阵列实验最低信息标准。

MIAME 就绪
🌐

GA4GH 框架

我们与全球基因组学与健康联盟标准对齐, 涵盖变异表示、数据共享和 API 互操作性。

GA4GH 对齐
🏷️

dbSNP 交叉引用

数据库中的每个变异均携带有效的 NCBI dbSNP rsID。 交叉引用在每个数据发布周期中验证。

NCBI 索引
📋

OMIA 整合

疾病关联已针对在线孟德尔 动物遗传数据库(OMIA)索引,实现标准化疾病标识符。

OMIA 关联
📐

马属参考基因组

所有坐标均参考 EquCab 3.0(GCF_002863825.1)。 我们旨在为未来组装建立标准化坐标转换工具。

EquCab 3.0

探索数据

EQAI 数据仪表盘提供对所有数据层的交互式访问。 可按品种、基因、变异或表型查询。每项结果均可溯源。

app.eqaios.com/dashboard/data
📊 概览
🧬 基因组
🐎 表型
🔬 变异
🕸️ 图谱
📥 下载
17
品种
79
疾病
14
变异
品种基因分型分布
打开完整仪表盘

下载与 API

所有数据均可通过批量下载或编程 API 访问。 默认开放,除非有充分理由限制。

📥

批量下载

以标准格式下载完整数据集。所有文件均包含 来源元数据、验证状态和版本标记。

# 品种频率数据库
$ eqai data download --dataset=breed_freq
  --format=tsv --version=latest

# 致病性变异
$ eqai data download --dataset=variants
  --filter=tier:confirmed

REST API

通过编程方式查询任何实体。RESTful API 返回 JSON 响应。 每个响应均包含证据来源和置信度评分。

# 按 rsID 查询变异
$ curl https://api.eqaios.com/v1/variants/rs210652143

# 响应包含证据链:
{
  "gene": "MYO1B",
  "disease": "HYPP",
  "tier": "A",
  "validated": true,
  "sources": ["dbSNP", "OMIA"]
}

生物真相,可计算化。

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探索 API 下载数据